交通运输厅是自治区人民政府主管交通运输的政府职能部门，厅机关内设17个处室和9个未设党委的事业单位，下辖自治区交通建设管理局、公路管理局、道路运输管理局、路政管理局、地方海事局、交通运输工程质量监督局、公路工程造价管理局7个职能局，交通规划勘察设计研究院、交通职业技术学院2个事业单位和交通科学研究院、新疆交通投资有限责任公司2个企业，对全疆交通建设、公路养护、道路运输、路政、海事系统实行垂直管理，所属副厅级单位3个、县（处）级单位101个、科级单位238个，行业指导15个地州市和98个县市区交通运输局。厅直属单位共计3.93万人（在职1.52万人、离退休1.51万人、聘用制收费员9049人），设党委35个、党组291个、党支部（总支）646个，现有中共党员10980名。

截止2016年底，全区共有国省道106条（国家高速8条、普通国道16条，地方高速4条、普通省道78条），全区公路通车总里程18.21万公里（含兵团3.43万公里）；全区105个县市区中有100个通二级以上公路（伊吾、阿克陶、塔什库尔干、昭苏、特克斯5个县未通）、占95.2%。公路网密度10.97公里/百平方公里。

目前，全区交通运输行业共建成全国文明单位和创建全国精神文明建设工作先进单位19个，全国交通文明行业和全国交通运输行业文化建设示范单位13个，自治区级文明单位186个，建成各级青年文明号202个，涌现省部级以上劳模、先进工作者280多个。

2017年是实施“十三五”规划的重要之年，是供给侧结构性改革的深化之年，是推进扶贫攻坚承上启下的一年，也是在新的历史起点上，全面加快我区交通基础设施建设的首战之年。交通运输厅党委将紧紧围绕社会稳定和长治久安总目标，牢固树立和贯彻落实“创新、协调、绿色、开放、共享”发展理念，坚持稳中求进工作总基调，以补齐交通基础设施短板为主线，以改革创新为牵引，着力维护社会和谐稳定、着力加快交通项目建设，着力推进交通枢纽中心建设、着力推进扶贫攻坚、着力提升运输服务品质，全面做好稳增长、促改革、调结构、惠民生、防风险各项工作，为促进全区经济平稳健康发展和全面建成小康社会当好先行。